PARTE 1#
Viernes 1. Información general del curso e Introducción a R#
Fecha: Viernes 2 de febrero 2024
Instructora: Dra. Evelia Coss
Presentación: Introducción a R
Lecturas y cursos recomendados:
Viernes 2. Manipulación de datos con R base (vector y dataframe)#
Fecha: Viernes 9 de febrero 2024
Instructora: Dra. Evelia Coss
Presentación: Manipulación de datos con R base (vector y dataframe)
Lecturas y cursos recomendados:
Grabación:
Viernes 3. Manipulación de datos con R base (matrix y lista)#
Fecha: Viernes 16 de febrero 2024
Instructora: Dra. Evelia Coss
Presentación: Manipulación de datos con R base (matrix y lista)
Grabación:
Viernes 4. Introducción a Rmarkdown#
Fecha: Viernes 23 de febrero 2024
Instructora: LCG Alejandra Schafer
Presentación: Introducción a Rmarkdown
Grabación:
Viernes 5. Terapia de Bioinfo grupal (opcional)#
Fecha: Viernes 1 de marzo 2024
Instructora: Dr. Israel Aguilar
Presentación: Resolucion de problemas
Grabación:
Viernes 6. Manipulación de datos con funciones de R base#
Fecha: Viernes 8 de marzo 2024
Instructora: Dr. Evelia Coss
Presentación: Manipulación de datos con funciones de R base
Output: Variables Info_data.RData
Grabación:
Viernes 7. Manipulación de datos usando dplyr#
Fecha: Viernes 15 de marzo 2024
Instructora: Dr. Evelia Coss
Presentación: Manipulación de datos usando dplyr
Script: MarvelvsDCComics_Join_script.R
Input: Vamos a emplear el Output de la clase 6 Info_data.RData
Grabación:
Viernes 8. Generación de diversos gráficos usando ggplot2#
Fecha: Viernes 22 de marzo 2024
Instructora: Sofia Salazar
Presentación: Generación de diversos gráficos usando ggplot2
Script: script_ggplot_clase.R
Grabación:
Viernes 9. Terapia de Bioinfo grupal (opcional)#
Fecha: Viernes 5 de abril 2024
Instructores: LBt Josué Guzmán Linares, Dr. Israel Aguilar
Carpeta con scripts y data: carpeta en gdrive
Grabación:
Viernes 10. Manipulación de datos para crear un heatmap (ComplexHeatmap)#
Fecha: Viernes 12 de abril 2024
Instructora: Sofia Salazar
Script: * get_data.R * heatmap_clase.R
Data: *Clase_Heatmaps/data
Manual de Complexheatmap
Grabación:
Viernes 11 y 12. Bioestadistica parte 1#
Fecha: Viernes 19 de abril 2024
Instructor: Dr. Obed Ramirez
Grabación:
Parte 1.
Parte 2.
Viernes 13. Terapia de Bioinfo grupal (opcional)#
Fecha: Viernes 3 de mayo 2024
Instructor: Dr. Israel Aguilar
Script: Material
Grabación:
Viernes 14 y 15. Exploración de datos y elección de pruebas o modelos#
Fecha: Viernes 17 de mayo y 24 de mayo 2024
Instructor: Dr. Domingo Martinez
Material:
Grabación:
- Clase 14
- Clase 15
Viernes 16, 17, 18 y 19. Introducción a Python#
Fecha: Viernes 31 de mayo, 7, 14 y 21 de junio 2024
Instructor: Dr. Shaday Guerrero
Material:
Clase 16 - Plotting and Programming in Python
Clase 17 - Built-in Functions and Help
Clase 19- for loops
Grabación:
- Clase 16
- Clase 17
- Clase 18
- Clase 19
Viernes 20 y 21. Introducción a Bash (28 de junio y 5 de julio)#
Fecha: Viernes 28 de junio y 5 de julio 2024
Instructor: Dr. Israel Aguilar
Material:
Instalación de una terminal de BASH (PREVIO A LA CLASE)
Opción A: Instalar una Máquina virtual (VM) en sus computadoras
Videos explicativos: https://youtu.be/Rt0agy32pFo , https://youtu.be/cInUitD6Wws
Manuales de instalación: Manuales De Instalación de Virtual Box y Ubuntu
Opción B: Instalar Git Bashy MobaXterm
Instalar Git Bash (seguir las instrucciones de instalación https://miguel-mx.github.io/2024-01-24-ccm-unam-swc/)
Instalar MobaXterm https://mobaxterm.mobatek.net/
Ejercicios para practicar: RegexOne
Presentacion:
Grabación:
- Clase 20
- Clase21
Viernes 22, 23 y 24. Nextflow#
Fecha: Viernes 19 y 26 de julio, viernes 2 de agosto 2024
Instructor: Dr. Israel Aguilar
Grabación:
- Clase22
- Clase23
- Clase24
PARTE 2#
Viernes 1. Creación de paquetes en R#
Fecha: Viernes 6 de septiembre 2024
Instructora: Dra. Joselyn Chávez
Presentación: Introducción a R
Grabación:
Viernes 2 y 3. Introducción al paquete data.table en R#
Fecha: Viernes 13 y 20 de septiembre 2024
Instructora: Sofia Zorrilla
Repositorio Github: data.table_long
Grabación:
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3
Viernes 4 y 5. Analisis de variantes genetica con data.table en R#
Fechas: Viernes 27 de septiembre Y 4 de octubre 2024
Instructora: Maria Jose Palma Martinez
Horario: 9 a 11 am
Descargar el siguiente archivo previo a la clase. Da click aqui
Material: [Libro en Quarto - GWAS]
Reproduccion de la Figura 4 de Mexican Biobank advances population and medical genomics of diverse ancestries
Grabación:
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5
Material extra: Visualizacion de variantes geneticas en mapa mundial 1000genomes
Viernes 6 y 7. Git + Github#
Fechas: Viernes 11 y 18 de octubre 2024
Instructor: Dr. Israel Aguilar
Horario: 11:30-13:30 pm
Manual: Mini guia uso de Git y Github
Grabación:
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7
Viernes 8. Circus plot en R#
Fechas: Viernes 25 octubre 2024
Instructor: Dr. Israel Aguilar
Horario: 11:30-13:30 pm
Manual: Circular Visualization in R